2х01. "Арена для битв мутантов":
Братья Рафаэля просто не понимают его. Ему не только НУЖНО драться, он в этом действительно хорош, или, по крайней мере, так сказал ему его новый тренер по боксу по имени Спадс. Спадс даже ПООЩРЯЕТ Рафа выплескивать свой гнев и негатив через драки, даже если его семья и надоедливый Голубь Пит этого не понимают. Но хотя Черепашки и не сходятся во взглядах, они должны работать вместе, чтобы остановить неистовых Рокстеди и Бибопа от разрушения города! Социальные сети взорвались видеороликами, на которых два Мутанимала сходят с ума, сражаясь друг с другом, не понимая, что происходит вокруг них. И всё это время они наносят серьёзный ущерб городу! Когда пыль оседает, есть ли кто-то, стоящий за всем этим заговором, дергающий за ниточки?
2х02. "Бой за титул чемпиона в лёгком весе среди мутантов":
Все самые смелые мечты Рафа сбываются на подземной Арене Битв Мутантов! Он может дать волю своим чувствам, сражаясь с огромными мутанималами Бибопом и Рокстеди; даже обожающий обнимашки Мондо Гекко присоединяется к веселью! Раф не сдерживается и получает пинка под зад с улыбкой на лице. Более того, за участие в боях он получает неплохие подарки: золотые цепи, новую одежду и даже собственное транспортное средство, ЧЕРЕПАХОТАНК! Это вызывает у Донни, Лео и Майки подозрения, ведь Раф всё от них скрывает. Но зрители любят Рафа, что радует главаря преступного мира Кицунэ и её уличную банду, Пурпурных Драконов. Они управляют ареной с помощью противного инвестора по имени Нокс. Но мечта Рафа может обернуться кошмаром, ведь Раф не подозревает, что угодил прямо в их ловушку!
2х03. "Раф против всех":
Раф в панике! Он хотел сразиться со всеми, но теперь ему противостоят братья, и это хуже всего. Кицунэ и её банда, Пурпурные Драконы, захватили Майки, Донни и Лео и отправили их на Арену Битвы Мутантов с помощью устройств контроля разума. Они преследуют Рафа по арене и выходят на улицу, где он использует Черепахотанк в качестве машины для побега. Раф понимает, что зашёл слишком далеко, и должен обратиться за помощью к неожиданному источнику — чванливому Голубю Питу! Вместе они разрабатывают многоэтапный план, в котором Пит украдет устройства контроля разума прямо из-под носа Пурпурных Драконов, пока Раф отвлекает всех мутантов на арене. Но всё идёт не по плану, и теперь Раф должен спасти всех, кого он любит! Сможет ли он найти способ обезвредить устройства контроля разума и спасти всех, пока не стало слишком поздно?
2х04. "Остров":
В Центральном парке Рэя Филлета атакует черепаха-мутант! Донни занят своим робототехническим проектом: превратить Металлоголового в паука-робота. Врывается Вингат и говорит Черепашкам поскорее приехать — Рэй ранен! Ошеломленный Рэй винит Черепашек-ниндзя, и Мутанималы начинают драку с растерянными братьями. Но когда появляется НАСТОЯЩИЙ нападающий Рэя, мутант-щелкающая черепаха по имени ТОККА, он сражается со всеми... пока его часы не начинают пищать, и он сбегает. Черепашки преследуют его, в конечном итоге оказываясь на пароме на Статен-Айленд. После долгой драки Токка оказывается в ловушке. Но во время допроса Токка взрывается, превращаясь в лужу Ила и оставляя только черепашку-детеныша и свои часы. Братья Донни просят его взломать его и найти подсказки о Токке, но он говорит, что это невозможно! Позже Донни получает от Вингата метку местоположения и следует за ней до заброшенной фабрики на Статен-Айленде. Он находит её и ЕЩЁ ОДНОГО ТОККУ, которого ловко убивает! Донни думает, что они в безопасности, пока не появляются ЕЩЁ БОЛЬШЕ Монстров-Мутанималов! Может ли день Донни стать ещё хуже?
2х05. "Другие мутанималы":
Донни заперт в лаборатории безумного учёного, где из крови Вингната были созданы Монстры-мутанты Токка, Разар, Скейл-Тейл, Антракс и Вирм. Тем временем Лео, Майки и Раф пытаются купить пиццу, но владелец магазина в ярости: они слишком много раз устраивали беспорядок! Но Черепашки никогда раньше там не были! Они в замешательстве, пока другой Токка не крушит всё в огромной драке, прежде чем взорваться фонтаном Ила... а затем появляется ещё один Токка! В лаборатории Донни планирует побег, но натыкается на видео с Разаром, который объясняет, что Монстры-мутанты обречены, если не найдут кровь стабильного мутанта... и им нужна помощь Донателло! Настоящий Разар бросается на Донни, который отбивается от него, пока не появляется целая стая Монстров-мутантов. Остальные три Черепашки выслеживают своего Токку до лаборатории, но их быстро ловят. Донни может только наблюдать, как его братьев запихивают в клетки... и противостоят создателю Монстров-Мутанималов, безумному ученому Джордану Перри!
2х06. "Изгнанники":
Когда Лео, Майки и Рафа захватывает безумный учёный Джордан Перри и его чудовищные мутанималы, Донни должен остановить вторжение мутантов на Статен-Айленд и спасти всех от ужасного создания, известного как Мутант Омега!
2х07. "Восхождение Ночного Ниндзя":
Когда Леонардо оказывается случайным героем на станции метро, спасая жизни невинных прохожих, он в восторге от звания ГЕРОЯ. Это толкает его на жизнь борца с преступностью, и начинает он с того, что ставит на место Пурпурных Драконов. Но когда он попадает в объективы камер, а его братья и Эйприл видят этого героя в форме Черепахи в новостях, они допрашивают его: что он задумал... и смогут ли они принять в этом участие? Теперь четверо Ночных Ниндзя и Эйприл надевают костюмы и отправляются очистить улицы от преступности за одну ночь. И чем же им заняться? Эйприл находит банду похитителей, которые крадут чистокровных собак. Приманив похитителей шикарной собачкой, Черепашки выслеживают преступников и встречают злодейку-француженку-флориста, известную как... Ля Флер! Она и ее банда подручных флористов используют похитителей собак как прикрытие для гораздо более крупного преступления. И когда Ночные Ниндзя появятся, чтобы остановить ее, для Лео и его братьев может быть уже слишком поздно, поскольку все сгорит в огне... в буквальном смысле.
2х08. "Возвращение Ночного Ниндзя":
Злобный безумец, ненавидящий собак, известный как СКРЕТЧ, берёт в заложники городских псов! Его единственное требование, чтобы Ночный Ниндзя сдался! Но Лео, Эйприл и Черепашки понимают, что Скретч — это нечто большее, чем кажется на первый взгляд. (#208)
2х09. "Спровоцированный Скрэтч":
Лео в последний раз надевает костюм Ночного ниндзя, чтобы сразиться с мерзким котом по имени Скретч и его мутантом-вампиром Блохой. Это сражение, которое тянется уже пятнадцать лет! Но какое отношение всё это имеет к Сплинтеру? Финальная битва начинается!
2х10. "Поймать Рода":
Рода никто не любит, особенно Черепашки! Бывший стажёр Бишопа постоянно пытается похитить их и украсть их мутантную кровь, но когда похищают самого Рода... Майки берётся за дело! Его первая подозреваемый 0: создатель мехазоидов, ненавидящая мутантов - БИШОП.
2х11. "Необычные подозреваемые:
На кону некий мутаген и Майки допрашивает братьев и сестёр Рода, печально известных и эксцентричных МОД и ТОДДА... которые тоже пытаются заполучить кровь мутантов. Сможет ли Майки найти Рода, пока не стало слишком поздно?
2х12. "Большой Мак":
Кто похитил Рода? Где мутаген? Почему семья Рода такая странная? Всё это привело к конфронтации с отцом Рода... но даже с помощью Рода смогут ли Майки и его братья победить мутанта, известного как МАКМЕН?