Официальный синопсис арка: Нью-Йорк погружается в хаос, поскольку четыре фракции борются за контроль над ним. В центре всего этого Черепашки сталкиваются с принятием трудных решений о том, как быть верным своим личным принципам и морали, сохраняя при этом свою семью, даже если ее раздирают непреодолимые разногласия.
«"Война в городе", чье название отсылает к известной сюжетной линии "Черепашек" времен "Миража", это наша эпическая история, ведущая к огромному выпуску № 100. Этот сюжет станет кульминацией всего того, что происходило после № 51, и во многом с самого начала нашей саги».