Как известно, финал 3 сезона закончился временной петлей и встречей двух команд героев с самими собой. В результате чего, "космические" Черепашки остались на Земле, а "земные" - отправились в космос. Судя по многочисленным комментариям и вопросам типа "а когда вторая команда вернется из космоса?", многие так и не поняли до конца что же случилось.
Давайте разбираться вместе. Я не буду уходить в дебри временных парадоксов и ошибок логики, а попытаюсь рассказать о событиях именно с точки зрения сценаристов "Никелодеон". Далее по шагам:

Итак, начнем с обычной оси времени, идущей из прошлого в будущее.
Точкой Х обозначим финал 3 сезона, когда Земля исчезла.
Точка А - некая условная точка за полгода до этого. Какие именно события происходили во Вселенной-2012 в этот момент мы не знаем, но это не важно. Нам важно, что отрезок АХ - это полгода.

Итак, наступает день Х. Земля погибает, а Фуджитоид и команда улетают в космос и отправляются на полгода назад. Т.е. в точку А.
Теперь в точке А существует 2 команды из Черепашек, Кейси и Эйприл. Первая команда (назовем ее К1) - это те герои, что продолжают жить на Земле и с ними происходят те события, что мы видели в ранних сезонах.
Вторая команда (К2) - вместе с Фуджитоидом находится в космосе и должна найти куски Генератора.

Идет время. Обе команды живут параллельно в одном и том же отрезке времени.
К1 (черная линия) - на Земле.
К2 (красная линия) - в космосе.
В какой-то момент они даже чуть не пересекаются, когда в "Межпространственных Черепашках" К2 попадает на Землю (точка В).

И вот снова наступает день Х. Обе команды просто доживают до него.
Для К1 это "Аннигиляция Земли".
Для К2 это "Последняя битва Земли".
Итак, что же происходит? К2 прилетает на Землю и успевает предупредить К1 о будущих событиях. А так же активно вмешивается в происходящее. В результате день Х меняется, Земля остается целой, а Трицератоны и Фуджитоид из К2 уничтожены.
Но после этого на Землю, как и в "Аннигиляции Земли" снова прилетает Фуджитоид. Ровно тот же, что прилетал в 1 раз. Потому что он не знает, что К2 вернулась из космоса, всех спасла, а голова его будущей версии уже болтается оторванной на орбите.
И теперь К1 просто обязана снова последовать за Фуджитоидом, улететь в космос, вернуться в прошлое и повторить все события из серий 4х01 - 4х14. Потому что, если они это не сделают, то не будет всех событий этих серий, а значит Земля не будет спасена.
Таким образом, К1 улетает с Фуджитоидом и повторяет весь путь, что прошла К2. И мы можем сказать,что К1 становится К2*. С отличием от К2 в том, что они уже наверняка знают, что вернутся и победят Трицератонов. Т.к. все это они уже видели.
К2 же остается на Земле и продолжает свои приключения.
К2* на Землю, разумеется, никогда в будущих сериях уже не вернется. Весь путь этой команды мы уже видели в 4х01-4х14. Петля замкнулась.