Открывающая сцена - Феодальная Япония. Несколько сегунов, среди которых Ороку Саки наблюдают за посадкой Технодрома. Это Кренг. Он прибыл на Землю с целью колонизации. Ему нужны помощники и он заключает сделку со Шреддером - тот приглядывает за находящимися в анабиозе Утромами, взамен Кренг дает ему мутаген, дарующий бессмертие. После чего Кренг улетает с словами, что вернется и начнет захват Земли.
Действие переносится в наши дни. Открывающая сцена на шоссе. Черепашки пытаются остановить Фут, которые хотят вытащить Шреддера. В конечном итоге им это удается. Шреддер и Караи скрываются в лаборатории TCRI. Она принадлежит Стокману, а тот, в свою очередь, работает на Шреддера. Про Сакса в фильме нет даже упоминания.
Сцена, где Кренг выходит со Шреддером на связь. Он объявляет, что время колонизации пришло, но сначала нужно достать кристалл, способный пробудить Утромов из анабиоза. В давние времена Кренг спрятал его в Бразилии в одной из пирамид Майя.
Чтобы добыть этот кристалл, Шреддер мутирует Бибопа и Рокстеди. Но на обратном пути из Бразилии парочку уже поджидают Черепашки, отправившиеся следом. Они выследили их благодаря Кейси Джонсу, случайно подслушавшему план Шреддера во время перевозки.
Тем временем в Нью-Йорке Шреддер использует технологии Стокмана, чтобы открыть Портал в Измерение Икс. Появляется Технодром, обшивка которого способна отделяться на манер беспилотников. Начинается массовое разрушение Нью-Йорка, который Кренг хочет превратить в Цитадель Утромов.
Черепашки возвращаются из Бразилии с кристаллом. Во время финальной битвы на Технодроме они используют кристалл, чтобы замкнуть поле Портала. Технодром втягивает обратно в Измерение Икс вместе со всеми злодеями. Все довольны, все ликуют.
И самое главное - сцена после титров.