Попав в новый, хоть и похожий мир, герои вселенной Черепашек ниндзя уже начали осваиваться, особенно легко эта "акклиматизация" удается Шреддеру, которые "подмял" под себя Пингвина и вовсю планирует создание империи в этой вселенной. С этого и начинается третья часть увлекательного кроссовера.
С помощью захваченного доктора Хана Шреддер и Пингвин создают портал, через который Шреддер хочет вернуться домой за своей армией и начать полное завоевание мира. В это время Черепашки ниндзя, попав в Бэт-пещеру, ближе знакомятся с таинственным защитником Готэма, благодаря рассказу учителя Сплинтера. Поняв общие цели, наши герои спланировали хорошую совместную атаку на убежище Клана фут, освободили доктора Хана, но Шреддер вновь оказался впереди на один шаг и, взорвав портал, скрылся в неизвестном направлении, при этом еще и получив себе очень могущественного союзника.
С каждым номером сюжет кроссовера закручивается все сильнее и сильнее, при этом знакомит читателей с новыми персонажами. При этом характеры героев раскрываются очень удачно и нет проходных персонажей, вот только Пингвин сильно запуган Шреддером, который, в свою очередь, в кроссовере выглядит воплощением "идеально злодея" для обеих вселенных.