Персей — смертный сын Зевса, пытаясь спасти свою возлюбленную Андромеду от жестокого заклятия, сражается с чудовищами. К счастью, у Персея есть свои волшебные помощники: прекрасный крылатый конь и удивительно умная сова.

Но даже эти волшебные силы не всегда в силах помочь герою в борьбе с могущественными врагами и спасти свою любимую!

Рыбак по имени Спирос (Пит Постлетуэйт) находит в море плавающий ларец, в котором находится тело мертвой женщины с живым ребенком в руках. Спирос и его жена Мармара (Элизабет МакГоверн) решают воспитывать ребенка как собственного и называют его «Персей». Спустя годы возмужавший Персей (Сэм Уортингтон), проплывая со своей семьей мимо статуи Зевса, видит, как солдаты из города Аргос разрушают её, объявляя тем самым войну богам. В ответ на это боги насылают на них фурий — летающих чудовищ. После недолгой схватки фурии сливаются в одно целое и превращаются в Аида, который разрушает лодку. При этом семья Персея погибает, сам же он, не сумев их спасти, остается жив.
Тем временем на Олимпе разгневанный Зевс отказывается от предложения других богов заключить с людьми перемирие. Аид уговаривает Зевса проучить людей, на что тот соглашается.
Персея находят солдаты из Аргоса во главе со Змеем (Драко) (Мэдс
Миккельсен) и отводят его во дворец, где тот предстает перед царём Кефеем (Винсент Риган) и царицей Кассиопеей (Полли Уокер), которые празднуют «победу над богами». Когда Кассиопея сравнивает свою дочь Андромеду (Алекса Давалос) с Афродитой, появляется Аид, который говорит о том, что через 10 дней он выпустит Кракена, чтобы он разрушил Аргос, если в жертву не принесут Андромеду. Персей пытается напасть на Аида, но его останавливает женщина в белом. Перед уходом Аид говорит Персею, что его отец Зевс.
Персея заключают под стражу, куда к нему приходит та самая женщина в белом, которую, как оказалось, зовут Ио (Джемма
Артертон). Она следит за ним с его самого рождения. Она бессмертна, т.к. проклята бессмертием с тех пор, как отвергла ухаживания бога. Ио рассказывает Персею историю его происхождения.
Однажды царь Акрисий поднял восстание против богов. Чтобы наказать его, Зевс принял облик самого Акрисия и, придя в покои его жены Данаи (Тине Штапельфелдт), овладел ею. Обезумевший от гнева Акрисий приказал казнить свою жену и новорожденного сына Зевса, закрыв их в ларце и сбросив со скалы в море. За это Зевс поразил его молнией, обезобразив лицо и тело. Ио уговаривает Персея положить конец тирании богов и убить Кракена. Персей соглашается.
Персей в составе отряда добровольцев из солдат Аргоса отправляется к Стигийским ведьмам для того чтобы узнать у них, как убить Кракена. В городе к ним присоединяются два брата-охотника.
Тем временем Аид находит обезображенного Акрисия, известного ныне как Калибос, и обещает помочь расправиться с Зевсом в обмен на то, что Калибос убьет Персея. Калибос соглашается, и Аид наделяет его сверхчеловеческими способностями.
На привале Персей, прогуливаясь по лесу, находит меч, наделенный магическими свойствами. Драко говорит, что это дар богов, но Персей не принимает подарка и отдает меч Драко. Далее Персей наталкивается на стадо белых крылатых лошадей, которых распугивает черный конь, слетевший с небес. Ио, все это время следовавшая за Персеем, объясняет ему, что это Пегас и он тоже дар богов. В это время на отряд нападает Калибос. Убив несколько человек и укусив Персея, он хватает его за голову. Вовремя подоспев, Драко отрубает Калибосу руку и тот отступает. Отряд бросается в погоню, а рука превращается в скорпиона.
Разделившись, одна из групп загоняет Калибоса в угол. Но кровь из отрубленной руки превращается в огромных скорпионов. Потеряв часть отряда и одолев нескольких чудовищ не без помощи Ио, Персей сотоварищи оказываются окружены оставшимися скорпионами. На помощь им приходят живущие в пустыне колдуны-джинны во главе с Шейхом Сулейманом (Йен Уайт). Когда Персей пытается поблагодарить джиннов, его сваливает с ног приступ от укуса Калибоса, который оказался ядовитым.
Драко не доверяет джиннам, но Шейх Сулейман, тайком пробравшись в палатку к раненому Персею, исцеляет его рану и говорит о том, что джинны тоже сражаются против Богов. Наверстывая упущенное время, джинны, оседлав громадных скорпионов, подвозят отряд до Стигийского сада - места, где Кракен разгромил Титанов и места обитания Стигийских ведьм.
В логове, в результате небольшой стычки с ведьмами, которые требуют жертву, Персею удается выхватить у них единственный глаз, в обмен на который он хочет получить ответ. Ведьмы соглашаются и говорят, что убить Кракена можно с помощью Медузы Горгоны, которая находится на другом конце реки Стикс в подземном царстве мертвых. На прощанье ведьмы говорят Персею, что его поход закончится неудачей, и он умрет.
Когда Персей возвращается ко входу в Стигийский сад, все джинны, кроме Шейха Сулеймана, уходят от него, решив, что все они умрут. Перед тем как отправиться в подземный мир, Персей встречает Зевса, который предлагает ему уйти с ним на Олимп. Персей отказывается и Зевс, говоря, что больше не будет ему помогать, дает напоследок золотую монету для перевозчика Харона. Братья-охотники также покидают Персея, объясняя это тем, что не могут сражаться в подземном мире, подарив напоследок щит из шкуры скорпиона.
Персей, Ио, Сулейман, Драко, Солон, Иксас и Эвсебий, перебравшись через Стикс и заплатив Харону монетой, приблизились к логову медузы. Весь отряд входит в храм, за исключением Ио, которая, согласно заклятью, не может войти в храм Афины. Используя свой лук, Горгона пронзает Драко, сбивает с ног Солона и тот падает в раскаленную лаву. Иксас и Эвсебий превращаются в камень, взглянув Горгоне в глаза. Сулейман и Драко приносят себя в жертву, создавая для Персея условия победить Горгону, не смотря ей в глаза.
Выйдя из логова с головой Горгоны, Персей становится свидетелем того, как Калибос пронзает Ио сзади мечом. Персей и Калибос вступают в смертельную схватку, в которой Персей ломает свое оружие об оружие Калибоса и, поняв наконец, что нет смысла отрицать то, кем он является, берет меч, выкованный на Олимпе, и убивает Калибоса. Ио умирает со словами «Все будет хорошо» и исчезает в виде золотых паров. Персей седлает Пегаса и спешит в Аргос, чтобы успеть к моменту жертвоприношения. Аид по приказу Зевса выпускает Кракена. Толпа врывается во дворец, хватает Андромеду и ведет ее на место жертвоприношения. Кракен начинает крушить Аргос. В это время Аид открывает Зевсу то, что чем больше люди боятся, тем сильнее Аид становится. Зевс понимает свою ошибку, и надеяться ему остается только на Персея.
В тяжелой схватке с фуриями Персею удается сохранить голову Горгоны, победить Кракена и отправить Аида в подземное царство. Персей спасает Андромеду, теперь законную царицу Аргоса, которая просит его остаться с ней и стать царем Аргоса. Но тот отказывается, так как хочет жить человеческой жизнью. Отказывается он и от предложения Зевса уйти с ним на Олимп. Зевс в благодарность воскрешает Ио, чтобы Персей, живя как человек, не оставался один.

Спустя десять лет после победы над Кракеном, Персей ведёт скромную жизнь деревенского рыбака и в одиночку воспитывает сына Элея. Его навещает отец Зевс и рассказывает ему, что люди перестали верить в богов, из-за чего сила тех ослабла. Стены Тартара, куда боги заключили титанов, рушатся и Зевс просит помощи в грядущей битве, которая ввергнет мир в хаос, но Персей отказывается.
Зевс, Посейдон и Арес спускаются в подземный мир, чтобы укрепить стены Тартара. Однако Зевс и Посейдон попадают в ловушку, Аид (поставленный надзирать за титанами) и Арес заключили сделку с Кроносом, они помогут ему освободиться, а он сохранит их бессмертие. Пленённого Зевса приковывают в подземелье, Кронос начинает высасывать из него силу. Чудовища вырываются из Тартара, одно из них нападает на деревню Персея. Смертельно раненый Посейдон ускользает из ловушки, встречается с Персеем и передаёт ему свой трезубец. Вилы Аида, трезубец Посейдона, молния Зевса образуют Копьё Трёх Богов, которым можно победить Кроноса. По просьбе Посейдона Персей отправляется к Андромеде и освобождает из тюрьмы сына Посейдона Агенора.
Герои отправляются на остров, чтобы встретиться с Гефестом - создателем оружия богов. Циклопы отводят их к Гефесту. Он заявляет, что построил Тартар, как тюрьму для титанов, но оставил для себя лазейку, чтобы выбраться оттуда по завершению строительства. Дорога ведёт через кошмарный лабиринт, искажающий разум. Отряд добирается до входа в лабиринт, но здесь героев настигает Арес. Персею, Агенору и Андромеде удаётся укрыться в лабиринте. Тем временем Зевс просит прощения у Аида, но им помешал Арес, вступив в схватку с Аидом. Персей побеждает чудовищного Минотавра и помогает бежать Зевсу. Теперь Персею не достает только молнии Зевса, чтобы собрать Копье Трёх Богов и сокрушить Кроноса. Персею нужно забрать её у Ареса. К умирающему Зевсу является Аид, который простил его, и дал Зевсу его последний шанс, омолодив на 10 тысяч лет. Армия, которую собрала Андромеда, Зевс и Аид вступают в бой с армией Кроноса. Персей бросает вызов Аресу, встречается с ним в храме богов и побеждает его, забирая молнию Зевса. Появившийся Кронос начинает громить человеческую армию, но Персей верхом на Пегасе пронзает его Копьём Трёх Богов. После победы Зевс пожертвовав собой ради своего брата Аида, умирает от нанесённых поверженным отцом увечий, а Персей возвращается к Элею. Аид, лишённый силы, остался последним живым Богом из Триумвирата.