Вступление. Черепашки следуют за одним из Крысоловов, чтобы узнать, откуда они появляются. Эти роботы, как считает Донателло, являются изюминкой технической мысли, прекрасным образцом гения человека, даже не смотря на то, что он жаждет уничтожить их.

Микеланджело, Донателло и Сплинтер обживаются в их новом доме. Майки устанавливает видео, а Донни копается в одном из Крысоловов. В это время Леонардо и Рафаэль забирают вещи из их старого разрушенного роботами логова. После того как Микеланджело настроил видео систему, то по телевизору побежал репортаж о новом изобретении Бакстера Стокмана – Крысолове Стоктроникс. Услышав эту новость, черепашки решают найти Стокмана и отомстить ему за их разрушенный дом и остановить производство этих адских машин. Но Учитель Сплинтер запрещает им восстановить справедливость.

Тогда Донателло отслеживает с помощью своего робота передатчик, который посылает сигналы управления Крысоловам, и черепашки все же решают наведаться к Стокману, несмотря на запрет их сенсея.

Тем временем, Эйприл О'Нил, которая была ассистентом доктора Стокмана, заподозрила его в сговоре с криминальными структурами города. Она решает все разузнать и взламывает компьютер Стокмана. Затем ее взгляд падает на куда-то ведущий лифт. Девушка решает все выяснить до конца и спускается на элеваторе вниз. Там ее взгляду предстает огромная фабрика по производству Крысоловов. Однако любопытство подвело Эйприл – Стокман нашел ее и решил избавиться от лишнего свидетеля, послав несколько роботов разделаться с девушкой, которая пыталась скрыться в канализации.

Две группы двигались теперь навстречу друг другу. В одной были черепашки, стремящиеся докопаться до сути, а в другой Эйприл, которая старалась от этой самой сути избавиться как можно скорее. Волей случая их дороги пересеклись и черепашки спасают несчастную девушку от Крысоловов. Эйприл хочет поблагодарить своих спасителей, однако когда она видит, кто на самом деле ее герои, то теряет сознание, оставив черепашек в недоумении, что же им с ней теперь делать.