Черепашки и союзники атакуют Трицератонов. Слэш и Кожеголовый пытаются уничтожить Сердце Тьмы (так Трицератоны называют Генератор Черных Дыр), но попытка проваливается. Трицератоны используют генераторы силового поля и ловят в них Слэша, Рокуэлла и Кожеголового. Майки пытается спасти своего друга, но тут появляется Мозар и захватывает Майки, телепортируя его на борт своего корабля, прежде чем остальные успевают его спасти. Кейси пытается, но так же попадает в силовое поле. Ему на помощь приходит Эйприл, но Раф останавливает ее и говорит, что они должны отступить. Она обещает Кейси вернуться. Сплинтер призывает к отступлению. Во время бегства Донни забирает с одного из поверженных Трицератонов небольшой прибор.
Тем временем на корабле Мозар передает Майки командиру Золину и рассказывает о случившемся на Земле. Майки умоляет Трицератонов пощадить планету, но они не слушают. Тогда Майки, используя навыки ниндзя, вырывается из силового поля и пытается атаковать Трицератонов, но Золин легко останавливает его. Он спрашивает Мозара, что он должен сделать и Мозар предлагает использовать "Психический Экстрактор" - устройство, применяемое только для самых опасных преступников. Золин колеблется, но подчиняется. Они приносят большой стул, покрытый лезвиями и зубцами.
Тем временем, на Земле остальные пытаются понять, как спасти Майки и захваченных Мутанималов. Сплинтер говорит, что их приоритетной задачей является разрушение Генератора Черных Дыр, но Лео утверждает, что Майки важнее. Тогда Сплинтер предлагает Лео взять своих братьев, чтобы спасти Майки и остальных. А он сам, вместе с Эйприл, попытается обрести союзника еще более мощного, чем Мутанималы - Шреддера.
На корабле Трицератонов, Майки усаживают в Экстрактор и Мозар объясняет ему, что это устройство извлечет из Черепашки все его знания о Земле и Креенгах. Кроме того, он полностью уничтожит разум Микеланджело. Экстрактор включают и луч энергии ударяет в голову Майки... заставляя его истерически хохотать. Мозар не понимает, почему Майки нравится и выключает Экстрактор. На что Микеланджело заявляет, что это было "круче чем сто миллионов американских горок" и просит повторить. И вся информация, которую удается добыть Трицератонам из его головы касается пиццы. Мозар очень расстроен и приказывает уничтожить Майки. Но тот неожиданно заявляет, что может помочь Трицератонам, т.к. знает местоположение всех баз Креенгов в Измерении Икс. Это заинтересовывает Мозара и он решает сохранить Майки жизнь. Но на самом деле Черепашка блефует.
Сплинтер и Эйприл добираются до логова Шреддера, только чтобы тут же быть атакованными Бибопом, Рокстеди и Тигриным Когтем. Во время битвы появляется Шреддер и спрашивает, зачем они пришли. Сплинтер говорит Шреддеру, что их вражда бессмысленна во время вторжения и просит о помощи против Трицератонов. Шреддер, однако, хочет знать, где находится Караи и требует выдать ее местоположение. Сплинтер говорит, что они обыскали весь город, но так не сумели найти ее. Шреддер не верит ему и собирается напасть. Но тут вмешивается Эйприл. Она говорит Шреддеру, что у того есть шанс снова стать героем. Если он действительно любит Караи, он должен бороться с Трицератонами, потому что, если они победят, то мир будет уничтожен и Караи в том числе. Это, кажется, убеждает Шреддера...
Черепашки, тем временем, находят корабль, на котором летели Майки и Кейси и угоняют его, направляясь прямо к главному кораблю Трицератонов. Донни пытается включить маскировку, но вражеские корабли их все же замечают. Черепашкам удается отбивать атаки, но потом по ним стреляет из плазменной пушки главный корабль, полностью уничтожая звездолет Черепашек. К счастью, устройство, которое ранее подобрал Донни - телепорт. Перед самым взрывом Черепашки телепортируются прямо на главный корабль, где их уже ждут Трицератоны.
А в центральном Парке завершается монтаж Генератора Черных Дыр. Шреддер, Сплинтер и остальные незаметно пробираются к нему.
На корабле Черепашки встречаются с Майки оказываются лицом к лицу с Мозаром. Донни умоляет его пощадить Землю, говоря, что у планеты огромный потенциал, а уничтожить ее могут и сами люди своим отношением без участия Креенгов. Лео прерывает его, заявляя, что если Трицератоны не передумают, он уничтожит их. Мозар думает, что он блефует, но Лео неожиданно хватает телепорт у ближайшего охранника и бросает его в стену. Кусок стены исчезает и, из-за образовавшегося вакуума, всех присутствующих начинает вытягивать в открытый космос. Мозару своим телом удается перекрыть дыру, давая Майки достаточно времени, чтобы захватить еще один телепорт с ближайшего Трицератона и отправить всех обратно на Землю - прямо в середину боя. Эйприл удается освободить Кейси из силового поля, но сделать тоже самое с Мутанималами она не успевает и вместе с Кейси вынуждена бежать.
Сплинтер и Шредер сражаются с Трицератонами у самого Генератора и в решающий момент Йоши уже готов его разрушить. Но тут Шреддер наносит ему удар в спину, протыкая лезвиями насквозь. Черепашки бросаются к нему, Эйприл силой мысли отшвыривает Шреддера в другой конец Парка, но уже поздно. Сплинтер умирает на руках Черепашек, а Генератор начинает разрушать Землю.
В этот момент появляется космический корабль, и маленькая фигурка предлагает Черепашками, Кейси и Эйприл подняться на борт. Земля разрушена, довольные Трицератоны улетают. Черепашки в шоке от того, что только что произошло, пока не появляется хозяин корабля - Фуджитоид. Он предлагает им выпить горячего какао. Затем он говорит, что их ждет чудесное приключение. Кроме того, он знает как кого зовут.
Прежде чем Черепашки приходят в себя, Ханикатт активирует корабль и возвращает его на 6 месяцев в прошлое. Затем он рассказывает, как Утромы разделили Генератор на несколько фрагментов и спрятали их в разных уголках Вселенной. Его план состоит в том, чтобы найти эти фрагменты до Трицератонов. Но у них только есть один шанс, чтобы сделать это - Черная Дыра не позволит вернуться в прошлое еще раз. На вопрос, почему он помогает им, Ханикатт заявляет, что его послал Бишоп и он друг Утромов. Кроме того, он киборг с человеческим мозгом и телом робота. Затем Фуджитоид показывает им их новые скафандры, а так же универсальные переводчики с языков пришельцев. Эйприл и Кейси так же достаются такие скафандры. История заканчивается на том, что Черепашки и их друзья отправляются в космос, чтобы искать фрагменты Генератора...