1. Рафаэль ранил Сплинтера и покинул его из-за чувство стыда (похоже, это было изменено).
2. Донателло уезжал со Сплинтером в Японию, потому что тот хотел там умереть, Дон так и не вернулся.
3. Майки и Лео какое-то время держатся вместе, но расходятся из-за возникших разногласий.
4. Однажды перед Эйприл появляется весь травмированный Кейси и умирает, подробностей о том, кто его избил нет.
5. Кейси и Эйприл когда-то были женаты и у них был ребенок, но они развелись и остались в хороших отношениях.
6. Эйприл вышла замуж за другого человека, имя которого не называется, у них было двое детей, но их развод был более неприятным, чем развод с Кейси.
7. Тело Фуджитоида было уничтожено в бою, в рабочем состоянии осталась только голова. Причина, по которой ему не дали новую, заключалась в том, что он попросил перевести его в спящий режим на тысячу лет (по неизвестным причинам).
8. Фуджитоид обладает телепатическими способностями из-за экспериментов, которые с самого начала переместили его в тело робота. Эти способности Эйприл использует для контакта с Черепашками, чтобы противостоять неизвестной угрозе.

Про первоисточники:
9. Хирото вдохновлен Буллсаем и Норманом Бейтсом.
10. Кейси-младший вдохновлена Вороном.
11. Летающие мыши, похожие на собак, с лазерными лучами, прикрепленными к их головам, вдохновленные сценой из "Остина Пауэрса", где доктор Зло хочет иметь «акул с чертовыми лазерными лучами».
12. Гуманоидные маузеры, похожи на Бомбобрюха, отсылают к лобстерам.
13. Стокман делает для Хирото плохое вооружение специально, все хорошее хранит при себе.
14. Вороны Хирото не настоящие, это роботы-убийцы, замаскированные под ворон.